Curriculum Vitae

José Manuel Matos Ribeiro da Fonseca

Data da última atualização »Last update : 06/10/2017


José Manuel Matos Ribeiro da Fonseca. Concluiu Engenharia Electrotécnica pela Universidade Nova de Lisboa em 2001. É da Universidade Nova de Lisboa. Publicou 8 artigos em revistas especializadas e 18 trabalhos em actas de eventos, possui 10 capítulos de livros e 1 livro publicados. Possui 1 produto registado, 1 software e outros 22 itens de produção técnica. Participou em 33 eventos no estrangeiro e 14 em Portugal. Orientou 2 teses de doutoramento e orientou 25 dissertações de mestrado, alem de ter orientado 32 trabalhos de conclusão de curso de bach./licenciatura nas áreas de Engenharia Electrotécnica, Electrónica e Informática e Engenharia Civil. Entre 2004 e 2010 coordenou 3 projectos de investigação. Actua na área de Engenharia e Tecnologia com ênfase em Engenharia Electrotécnica, Electrónica e Informática. Nas suas actividades profissionais interagiu com 118 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos.


Endereço de acesso a este CV:

http://www.degois.pt/visualizador/curriculum.jsp?key=3191211007965014


Dados pessoais (Personal data)
Nome completo
Full name
José Manuel Matos Ribeiro da Fonseca
Nome em citações bibliográficas
Quoting name
Fonseca, José Manuel
Domínio científico de atuação
Scientific domain
Engenharia e Tecnologia-Engenharia Electrotécnica, Electrónica e Informática.
Endereço profissional
Professional address
Universidade Nova de Lisboa
Faculdade de Ciências e Tecnologia
Departamento de Engenharia Electrotécnica
Campus da FCT/UNL
Monte da Caparica
2829-516 Almada
Portugal
Telefone: (+351)212948380Extensão: 13734
Correio electrónico: jmf@uninova.pt
Sexo
Gender
Masculino»Male




Graus Académicos (Academic Degrees)
2016 Agregação
Aggregation
Universidade Nova de Lisboa, Portugal.

1996-2001 Doutoramento
Phd
Doutoramento em Engenharia Electrotécnica (5 anos » years) .
Universidade Nova de Lisboa, Portugal.

1992-1994 Mestrado
Master degree
Mestrado em Engenharia Informática (2 anos » years) .
Universidade Nova de Lisboa, Portugal.

1985-1987 Licenciatura
Licentiate degree
Licenciatura em Engenharia Informática (5 anos » years) .
Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa, Portugal.

1981-1984 Bacharelato
Bachelor degree
Bacharelato em Engenharia Electrotécnica e Telecomunicações (3 anos » years) .
Inst. Superior de Engenharia de Lisboa, Portugal.





Formação complementar ( studies)
2015-2015 Curso de curta duração
Short course
Introduction to Integrated Hydrologic Modelling with MIKE SHE.
The Academy by DHI, Noruega.

2015-2015 Curso de curta duração
Short course
Integrated 1D and 2D Urban Flood Modelling.
The Academy by DHI, Dinamarca.

2011-2011 Curso de curta duração
Short course
Formação Pedagógica para Docentes do Ensino Superior.
Universidade Nova de Lisboa, Portugal.

2007-2007 Curso de curta duração
Short course
Equipamentos de Oftalmologia.
Centro de Formação do Hospital da Santa Maria, Portugal.

2005-2005 Curso de curta duração
Short course
Hands-on MARS, CART, TreeNet and RandomForests.
Salford Systems, Estados Unidos.

2000-2000 Curso de curta duração
Short course
Course NetBe .
Rumos, Portugal.

1998-1998 Curso de curta duração
Short course
Int. Summer School on Knowledge Discovery in Databases and Data Mining .
EAIA'98, Portugal.

1998-1998 Curso de curta duração
Short course
Pedagogia Universitária.
Universidad Politécnica de Madrid, Espanha.





Vínculos profissionais (Professional Positions)
Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
Mai/2001-Actual Professor Auxiliar

Instituto de Desenvolvimento de Novas Tecnologias
Fev/1988-Actual Outra Situação

Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
Set/1993-Mai/2001 Assistente

Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
Mar/1992-Set/1993 Assistente Estagiário

Inst. Superior de Engenharia de Lisboa
Out/1987-Fev/1992 Assistente Estagiário

Inst. Superior de Engenharia de Lisboa
Out/1982-Set/1987 Outra Situação





Atividades de Conselhos, Comissões e Consultorias (Councils, Comissions and Consultancy activities)
Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
Jun/2009-Actual
Membro do Conselho de Faculdade da FCT/UNL


Mai/2009-Jun/2009
Membro da Comissão Estatutária da FCT/UNL


Fev/2007-Jun/2009
Membro da Comissão e-Learning da FCT/UNL


Fev/2007-Jun/2009
Membro da Comissão Científica do Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores


Jan/2007-Out/2008
Presidente da Comissão Instaladora da Associação dos Antigos Alunos da FCT/UNL


Mar/1995-Jun/2008
Membro do Conselho de Representantes da FCT/UNL


Jan/2007-Set/2007
Membro da Comissão Organizadora da 2ª Expo-FCT


Jan/2007-Mai/2007
Membro da Comissão Organizadora da 1ª Expo-FCT


Jan/2004-Dez/2005
Membro da Comissão Instaladora da Associação dos Antigos Alunos da FCT/UNL


Mai/2000-Jan/2001
Representante do Corpo de Assistentes no Conselho do Departamento de Engenharia Electrotécnica


Out/1993-Jul/1996
Representante do Corpo de Assistentes no Conselho do Departamento de Engenharia Electrotécnica


Jun/1994-Jan/1996
Representante do Corpo de Assistentes no Conselho Pedagógico da Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores






Atividades de Extensão Universitária (Other services rendered through University)
Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
Out/2008-Actual
Atividade de extensão realizada»Extension activity rendered:

   - Presidente da Associação dos Antigos Alunos da FCT/UNL






Projetos de Investigação (Research projects)
Participação como Investigador responsável
Participation as responsible Researcher
2013-2015
SADAC - Estudo da dinâmica da segregação assimétrica de agregados na divisão de células e correlação com o envelhecimento funcional usando medições in vivo, um acontecimento de cada vez-SADAC - Study of the kinetics of asymmetric disposal of aggregates in cell division and its correlation to functional aging from in vivo measurements, one event at a time
Referência do projeto»Project reference: PTDC/BBB-MET/1084/2012.
FCT - Projetos de Investigação Científica e Desenvolvimento Tecnológico
Parceiro(s)»Partners: Tampere University of Technology.
Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2008-2010
Sinais-AIS Based Navigational-Aid System
Referência do projeto»Project reference: Sinais.
Parceiro(s)»Partners: Grupo Transtejo; Instituto de Desenvolvimento de Novas Tecnologias.
Financiador(es)»Funding: Grupo Transtejo.

2005-2009
DRUSAS - Detecção automática de Drusas em imagens de retinografia-DRUSAS - Automatic detection of Drusens in fundus images
Referência do projeto»Project reference: POCI/SAU-ESP/57592/2004.
FCT
Parceiro(s)»Partners: Faculdade de Ciências Médicas da UNL; Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Financiador(es)»Funding: Fundação para a Ciência e a Tecnologia.

2004-2008
Biopattern-Computational Intelligence for BioPattern Analysis to Support eHealth
Referência do projeto»Project reference: FP6-2004-IST-2-508803.
Sixth Framework Programme

2005-2008
Arinca - Armazem Inteligente de Cartões-ARINCA - Intelligent Card Warehouse
Referência do projeto»Project reference: Arinca.
Parceiro(s)»Partners: Gabinete Nacional de Segurança.
Financiador(es)»Funding: Gabinete Nacional de Segurança.

2006-2006
AmI-GRID Framework-AmI-GRID Framework
Referência do projeto»Project reference: AmI-GRID Framework.
Biopattern NoE

1999-2004
LIBSGrain - Safe Quimical Analisys of High Temperature Metals using Pulsed Laser-LIBSGrain - Safe Quimical Analisys of High Temperature Metals using Pulsed Laser
Referência do projeto»Project reference: Libs-Grain.
BRITE EURAM III

2001-2003
AINNT - Artificial Intelligence and Neural Network Tools for Innovative Open Distance Learning-AINNT - Artificial Intelligence and Neural Network Tools for Innovative Open Distance Learning
Referência do projeto»Project reference: AINNT.
Minerva 87574-CP-1-2000-1-RO-MINERVA-ODL


Participação como Investigador
Participation as Researcher
2007-2008
InAmi - Innovative Ambient Intelligence Based Services to Support Life-Cycle Management of Assembly and Manufacturing Systems-InAmi - Innovative Ambient Intelligence Based Services to Support Life-Cycle Management of Assembly and Manufacturing Systems
Referência do projeto»Project reference: InAmi.
FP6

2005-2007
COSIS - Observatório de Coimbra: Sistema de Informação Solar-COSIS - Coimbra Observatory Information System
Referência do projeto»Project reference: POCI/CTE-AST/58333/2004.
FCT

2005-2006
Key Stroke Analyser-Key Stroke Analyser
Referência do projeto»Project reference: Key Stroke Analyser.

1990-1993
SNECOW
Referência do projeto»Project reference: SNECOW.
CORDIS


Outro Tipo de Participação
Other kind of participation
2004-2006
SCUTsupport
Referência do projeto»Project reference: SCUTsupport.

1999-2001
TICTO
Referência do projeto»Project reference: TICTO.
Leonardo da Vinci






Línguas (Languages)
Compreende
Understandig
Espanhol (Bem), Inglês (Bem), Francês (Razoavelmente), Italiano (Razoavelmente).
Fala
Speaking
Espanhol (Bem), Inglês (Bem), Francês (Razoavelmente), Italiano (Razoavelmente).

Reading
Espanhol (Bem), Inglês (Bem), Francês (Bem), Italiano (Razoavelmente).
Escreve
Writing
Espanhol (Razoavelmente), Inglês (Bem), Francês (Razoavelmente), Italiano (Pouco).




Prémios e títulos (Awards Prizes, and Honours)
2013 Best Student Paper Award, IJCCI/ECTA 2013 .
2015 Best paper award , WEEF2015 - World Engineering Education Forum - SPEE Track Session @ IGIP IC on Pedagogy.
2016 Space Science Image of the Week, European Space Agency.
2016 Best student paper award of SIMULTECH 2016 , 6th International Conference on Simulation and Modeling Methodologies, Technologies and Applications.




Membro de Associações Profissionais/Científicas (Professional/Scientific Association membership)
Out/2013 - Actual IEEE, Membro.
IEEE Education Society standards committee.
Mar/2008 - Actual Associação dos Antigos Alunos da FCT/UNL, Membro fundador.
Presidente.
Fev/2007 - Actual Sociedade Portuguesa de Engenharia Biomédica, Outros (especifique).
Membro.




Produção científica, técnica e artística/cultural (Scientific, technical and artistical/cultural production)
Livros publicados/organizados ou edições
Published/organized books or Editions
1. Fonseca, José M; Autio, Reija; Ribeiro, Andre S; Yli-Harja, Olli. eds. 2014. Proceedings of the 11th International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2014 ed. 64, 1 vol., ISBN: 978-952-15-3297-9. Tampere, Finlândia: Tampere International Center for Signal Processing.
2. Fonseca, José M. ed. 2005. PROCEEDINGS OF THE 2ND INTERNATIONAL CONFERENCE ON COMPUTATIONAL INTELLIGENCE IN MEDICINE AND HEALTHCARE ed. 1, 1 vol., ISBN: 0-86341-520-2. Lisboa: IEE.
Editor.

Capítulos de livros publicados
Published book chapters
1. Palma, Cristina S; Startceva, Sofia; Neeli-Venkata, Ramakanth; Zare, Marzieh; Goncalves, Nadia S; Fonseca, Jose M; Oliveira, Samuel M; Ribeiro, Andre S. 2018. A strategy for dissecting the kinetics of transcription repression mechanisms.  In EMBEC & NBC 2017, ed. Hannu EskolaOuti V?is?nenJari ViikJari Hyttinen, 1097 - 1100. ISBN: 978-981-10-5121-0. Singapore: Springer Singapore.
2. Fonseca, José; Cordeiro, Raul; Silva, Carla. 2018. Between Data Mining and Predictive Analytics Techniques to Cybersecurity Protection on eLearning Environments.  In Applied Computational Intelligence and Mathematical Methods, ed. Radek SilhavyPetr SilhavyZdenka Prokopova, 185 - 194. ISBN: 978-3-319-67620-3. Cham: Springer International Publishing.
3. Silva, Carla; Fonseca, José. 2017. Educational Data Mining: A Literature Review.  In Europe and MENA Cooperation Advances in Information and Communication Technologies, ed. ¿?lvaro RochaMohammed SerrhiniCarlos Felgueiras, 87 - 94. ISBN: 978-3-319-46567-8. Cham: Springer International Publishing.
4. Najdi, Shirin; Gharbali, Ali A; Fonseca, José M. 2017. Feature Transformation Based on Stacked Sparse Autoencoders for Sleep Stage Classification.  In DoCEIS'17, 1 - 10. . Lisboa: Springer.
5. Gharbali, Ali A; Fonseca, José M; Najdi, Shirin; Rezaii, Tohid Y. 2016. Automatic EOG and EMG Artifact Removal Method for Sleep Stage Classification.  In Technological Innovation for Cyber-Physical Systems, ed. Luis M. Camarinha-MatosAntónio J. FalcãoNazanin VafaeiShirin Najdi, 142 - 150. ISBN: 978-3-319-31164-7. Cham: Springer International Publishing.
6. Najdi, Shirin; Gharbali, Ali A; Fonseca, José M. 2016. A Comparison of Feature Ranking and Rank Aggregation Techniques in Automatic Sleep Stage Classification Based on Polysomnographic Signals.  In Bioinformatics and Biomedical Engineering, ed. Francisco OrtuñoIgnacio Rojas, 230 - 241. ISBN: 978-3-319-31743-4. Cham: Springer International Publishing.
7. Shahamatnia, Ehsan; Mora, André D; Dorotovic, Ivan; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. 2016. Evaluative Study of PSO/Snake Hybrid Algorithm and Gradient Path Labeling for Calculating Solar Differential Rotation.  In Transactions on Computational Collective Intelligence XXIV, ed. Ngoc Thanh NguyenRyszard KowalczykJoaquim Filipe, 19 - 39. ISBN: 978-3-662-53524-0. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
8. Goncalves, Nadia; Oliveira, Samuel M. D; Fonseca, José M; Ribeiro, Andre S. 2016. Temperature Dependence of Leakiness of Transcription Repression Mechanisms of Escherichia coli.  In Computational Methods in Systems Biology , 341 - 342. . Londres: Springer.
9. Santinha, João; Martins, Leonardo; Häkkinen, Antti; Lloyd-Price, Jason; Oliveira, Samuel M. D; Gupta, Abhishekh; Annila, Teppo; Mora, Andre; Ribeiro, Andre S; Fonseca, Jose R. 2016. iCellFusion: : Tool for Fusion and Analysis of Live-Cell Images from Time-Lapse Multimodal Microscopy.  In Biomedical Image Analysis and Mining Techniques for Improved Health Outcomes, ed. Wahiba Ben Abdessalem KarâaNilanjan Dey, 71 - 99. ISBN: 9781466688117. USA: IGI Global.
10. Alves, M.; Dias Pereira, J. M; Fonseca, J. M. 2015. A Piezoelectric Device for Measurement and Power Harvesting Applications.  In Technological Innovation for Cloud-Based Engineering Systems, ed. Luis M. Camarinha-MatosThais A. BaldisseraGiovanni Di OrioFrancisco Marques, 486 - 493. ISBN: 978-3-319-16765-7. Cham: Springer International Publishing.
11. Shahamatnia, Ehsan; Dorotovic, Ivan; Mora, André D; Fonseca, José M; Ribeiro, Rita A. 2015. Data Inconsistency in Sunspot Detection.  In Intelligent Systems'2014, ed. D. FilevJ. JablkowskiJ. KacprzykM. KrawczakI. PopchevL. RutkowskiV. SgurevE. SotirovaP. SzynkarczykS. Zadrozny, 567 - 577. ISBN: 978-3-319-11309-8. Cham: Springer International Publishing.
12. Cordeiro, Hugo; Meneses, Carlos; Fonseca, José. 2015. Continuous Speech Classification Systems for Voice Pathologies Identification.  In Technological Innovation for Cloud-Based Engineering Systems, ed. Luis M. Camarinha-MatosThais A. BaldisseraGiovanni Di OrioFrancisco Marques, 217 - 224. ISBN: 978-3-319-16765-7. Cham: Springer International Publishing.
13. Correia, Raul C; Fonseca, José M; Alves, Gustavo; Cardoso, Alberto. 2015. Combining Intelligent Tutoring Systems and Collaborative Environments with Online Labs.  In Online Experimentation: Emerging Technologies and IoT, ed. Maria Teresa Restivo, Alberto Cardoso, António Mendes Lopes, 153 - 178. ISBN: 978-84-608-6128-7. Barcelona: IFSA Publishing, S. L..
14. Barandas, Marília; Gamboa, Hugo; Fonseca, José M. 2014. Upper Body Joint Angle Measurements for Physical Rehabilitation Using Visual Feedback.  In Physiological Computing Systems, ed. Hugo Plácido da SilvaAndreas HolzingerStephen FaircloughDennis Majoe, 91 - 104. ISBN: 978-3-662-45685-9. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
15. Fonseca, José M. 2014. A Fuzzy Multicriteria Approach for Data Fusion.  In Multisensor Data Fusion: From Algorithm and Architecture Design to Applications, 1 - 1. . Inglaterra: CRC Press.
In press.
16. Mora, André D; Fonseca, José M; Vieira, Pedro M. 2012. Variability and Repeatability Tests of ARMD Assessment Using the AD3RI Tool.  In Technological Innovation for Value Creation, ed. Luis M. Camarinha-MatosEhsan ShahamatniaGonçalo Nunes, 583 - 590. ISBN: 978-3-642-28254-6. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
17. Almeida, Graça; Melicio, Fernando; Chastre, Carlos; Fonseca, José. 2011. Displacement Measurements with ARPS in T-Beams Load Tests.  In Technological Innovation for Sustainability, ed. Luis M. Camarinha-Matos, 286 - 293. ISBN: 978-3-642-19169-5. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
18. Fernandes, Ana S; Bacciu, Davide; Jarman, Ian H; Etchells, Terence A; Fonseca, José M; Lisboa, Paulo J. G. 2010. Different Methodologies for Patient Stratification Using Survival Data.  In Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, ed. Francesco MasulliLeif E. PetersonRoberto Tagliaferri, 276 - 290. ISBN: 978-3-642-14570-4. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
19. Fernandes, Ana S; Alves, Pedro; Jarman, Ian H; Etchells, Terence A; Fonseca, José M; Lisboa, Paulo J. G. 2010. A Clinical Decision Support System for Breast Cancer Patients.  In Emerging Trends in Technological Innovation, ed. Luis M. Camarinha-MatosPedro PereiraLuis Ribeiro, 122 - 129. ISBN: 978-3-642-11627-8. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
20. Mora, André; Vieira, Pedro; Fonseca, José. 2010. Advances in Image Processing Techniques for Drusens Detection and Quantification in Fundus Images.  In Emerging Trends in Technological Innovation, ed. Luis M. Camarinha-MatosPedro PereiraLuis Ribeiro, 299 - 307. ISBN: 978-3-642-11627-8. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
21. Etchells, Terence A; Fernandes, Ana S; Jarman, Ian H; Fonseca, José M; Lisboa, Paulo J. G. 2009. Stratification of severity of illness índices and out-of-sample validation: a case study for breast cancer prognosis.  In Investigating Human Cancer with Computational Intelligence Techniques, ed. Alfredo Vellido and Paulo J.G. Lisboa , 36 - 48. ISBN: 978-0-956151. Londres: Future Technology Press.
22. Fernandes, Ana S; Jarman, Ian H; Etchells, Terence A; Fonseca, José M; Biganzoli, Elia; Bajdik, Chris; Lisboa, Paulo J. G. 2009. Stratification Methodologies for Neural Networks Models of Survival.  In Bio-Inspired Systems: Computational and Ambient Intelligence, ed. Joan CabestanyFrancisco SandovalAlberto PrietoJuan M. Corchado, 989 - 996. ISBN: 978-3-642-02477-1. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
23. Mora, A.; Fonseca, J.; Veira, P.. 2009. Retina Image Gradings’ Comparison by Weighted Matching Analysis.  In World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, September 7 - 12, 2009, Munich, Germany, ed. Olaf DösselWolfgang C. Schlegel, 296 - 299. ISBN: 978-3-642-03890-7. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
24. Etchells, Terence A; Fernandes, Ana S; Jarman, Ian H; Fonseca, José M; Lisboa, Paulo J. G. 2008. Stratification of Severity of Illness Indices: A Case Study for Breast Cancer Prognosis.  In Knowledge-Based Intelligent Information and Engineering Systems, ed. Ignac LovrekRobert J. HowlettLakhmi C. Jain, 214 - 221. ISBN: 978-3-540-85564-4. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg.
25. Fonseca, José M; Mora, André D; Barroso, Pedro. 2006. The Web and the New Generation of Medical Information Systems.  In Outcome Prediction in Cancer, 391 - 414. . UK: Elsevier.
26. Fonseca, Jose M; Oliveira, Eugénio; Steiger-Garção, Adolfo. 1997. Multi-agent negotiation algorithms for resources cost estimation: A case study.  In Progress in Artificial Intelligence, ed. Ernesto CoastaAmilcar Cardoso, 195 - 206. ISBN: 3-540-63586-6. Berlin/Heidelberg: Springer-Verlag.

Artigos em revistas com arbitragem científica
Papers in periodics with scientific refereeing
1. Najdi, Shirin; Gharbali, Ali A; Fonseca, José M. 2017. "Feature Ranking and Rank Aggregation for Automatic Sleep Stage Classification: A Comparative Study", Biomedical Engineering Online, 1: 1 - 15.
2. Shahamatnia, Ehsan; Dorotovic, Ivan; Fonseca, Jose M; Ribeiro, Rita A. 2016. "An evolutionary computation based algorithm for calculating solar differential rotation by automatic tracking of coronal bright points", Journal of Space Weather and Space Climate 6, 6: A16 - A16.
3. Neeli-Venkata, Ramakanth; Martikainen, Antti; Gupta, Abhishekh; Gonçalves, Nadia; Fonseca, Jose; Ribeiro, Andre S; DiRita, V. J. 2016. "Robustness of the Process of Nucleoid Exclusion of Protein Aggregates in Escherichia coli", Journal of Bacteriology 198, 6: 898 - 906.
4. Oliveira, Samuel M. D; Neeli-Venkata, Ramakanth; Goncalves, Nadia S. M; Santinha, João A; Martins, Leonardo; Tran, Huy; Mäkelä, Jarno; Gupta, Abhishekh; Barandas, Marilia; Häkkinen, Antti; Lloyd-Price, Jason; Fonseca, José M; Ribeiro, Andre S. 2016. "Increased cytoplasm viscosity hampers aggregate polar segregation in Escherichia coli ", Molecular Microbiology 99, 4: 686 - 699.
5. Almeida, Graça; Melício, Fernando; Biscaia, Hugo; Chastre, Carlos; Fonseca, José M. 2015. "In-Plane Displacement and Strain Image Analysis", Computer-Aided Civil and Infrastructure Engineering 1, online: n/a - n/a.
6. Santinha, Joao; Mora, André D; Gonçalves, Nadia; Ribeiro, Andre S; Fonseca, José M. 2015. "Detection and Segmentation of Nucleoids Based on Gradient Path Labelling", International Journal of Pharma Medicine and Biological Sciences 4, 1: 51 - 55.
7. Barandas, M.; Gamboa, H.; Fonseca, J.M.. 2015. "A Real Time Biofeedback System Using Visual User Interface for Physical Rehabilitation", Procedia Manufacturing 3, 1: 823 - 828.
8. Ribeiro, Rita A; Falcão, António; Mora, André; Fonseca, José M. 2014. "FIF: A fuzzy information fusion algorithm based on multi-criteria decision making", Knowledge-Based Systems 58, 1: 23 - 32.
9. Dorotovic, Ivan; Shahamatnia, Ehsan; Lorenc, M.; Rybanský, M.; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. 2014. "Sunspots and Coronal Bright Points Tracking using a Hybrid Algorithm of PSO and Active Contour Model", Sun and Geosphere 9, 1-2: 81 - 84.
10. Mora, André D; Fonseca, José M. 2014. "Metodologia para a deteção de artefactos luminosos em imagens de retinografia com aplicação em rastreio oftalmológico", Iberian Journal of Information Systems and Technologies 2014, 13: 51 - 63.
11. Fonseca, José M; Chibeles, Nelson; Kulberg, José C; Costa, Ruy. 2014. "Competências Transversais para Ciências e Tecnologia - Uma experiência na FCT/UNL", interacções, ?: 309 - 321.
12. Cordeiro, Hugo T; Fonseca, José M; Ribeiro, Carlos M. 2014. "Reinke's Edema and Nodules Identification in Vowels Using Spectral Features and Pitch Jitter", Procedia Technology 17, 1: 202 - 208.
13. Hakkinen, A.; Muthukrishnan, A.-B.; Mora, A.; Fonseca, J. M; Ribeiro, A. S. 2013. "CellAging: a tool to study segregation and partitioning in division in cell lineages of Escherichia coli", Bioinformatics 29, 13: 1708 - 1709.
14. Brunner, Simon; Mora, André; Fonseca, José; Weber, Tina; Falkner-Radler, Christiane I; Oeser, Reinhard; Binder, Susanne. 2013. "Monitoring of Drusen and Geographic Atrophy Area Size after Cataract Surgery Using the MD3RI Tool for Computer-Aided Contour Drawing", Ophthalmologica 229, 2: 86 - 93.
15. Cordeiro, Hugo T; Fonseca, José M; Ribeiro, Carlos M. 2013. "LPC Spectrum First Peak Analysis for Voice Pathology Detection", Procedia Technology 9, 1: 1104 - 1111.
16. Shahamatnia, Ehsan; Dorotovic, Ivan; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. 2012. "Towards an automatic sunspot tracking: Swarm intelligence and snake model hybrid", Acta Futura , 5: 153 - 161.
17. Martins, Leonardo; Mäkelä, Jarno; Häkkinen, Antti; Kandhavelu, Meenakshisundaram; Yli-Harja, Olli; Fonseca, José M; Ribeiro, Andre S. 2012. "Dynamics of transcription of closely spaced promoters in Escherichia coli, one event at a time", Journal of Theoretical Biology 301, 5: 83 - 94.
18. Correia, Raul C; Fonseca, J.M.; Donnellan, Andrew. 2012. "Ontology: A Support Structure for a V-Labs Network: Euronet-Lab", International Journal of Online Engineering (iJOE) 8, S3: 26 - 35.
19. Mora, André D; Vieira, Pedro M; Manivannan, Ayyakkannu; Fonseca, José M. 2011. "Automated drusen detection in retinal images using analytical modelling algorithms", BioMedical Engineering OnLine 10, 1: 1 - 15.
20. Fernandes, Ana S; Fonseca, Jose M; Jarman, Ian H; Etchells, Terence A; Lisboa, Paulo J; Biganzoli, Elia; Bajdik, Chris. 2009. "Evaluation of missing data imputation in longitudinal cohort studies in breast cancer survival", International Journal of Knowledge Engineering and Soft Data Paradigms 1, 3: 257 - 276.
21. Farinha, Ricardo J. P. C; Ruotsalainen, Ulla; Hirvonen, Jussi; Tuominen, Lauri; Hietala, Jarmo; Fonseca, José M; Tohka, Jussi. 2009. "Segmentation of Striatal Brain Structures from High Resolution PET Images", International Journal of Biomedical Imaging 2009, 1: 1 - 12.
22. Almeida, P. L; Kundu, S.; Beja, D.; Fonseca, J.; Figueirinhas, J. L; Godinho, M. H. 2009. "Deformation of isotropic and anisotropic liquid droplets dispersed in a cellulose liquid crystalline derivative", Cellulose 16, 3: 427 - 434.
23. Bulajic, D; Cristoforetti, G; Corsi, M; Hidalgo, M; Legnaioli, S; Palleschi, V; Salvetti, A; Tognoni, E; Green, Steve; Bates, Derek; Steiger, Adolf; Fonseca, Josè; Martins, Josè; McKay, John; Tozer, Bryan; Wells, David; Wells, Robert; Harith, M.A. 2002. "Diagnostics of high-temperature steel pipes in industrial environment by laser-induced breakdown spectroscopy technique: the LIBSGRAIN project", Spectrochimica Acta Part B: Atomic Spectroscopy 57, 7: 1181 - 1192.
24. De Oliveira, E; Fonseca, Jose M; Steiger-Garcao, Adolfo. 1997. "Maciv a DAI based resource management system", Applied Artificial Intelligence 11, 6: 525 - 550.
25. Fonseca, José M; Correia, Luis. 1996. "Classificazione in tempo reale per l’identificazione di firme acustiche", Computazione Evolutiva 1, 1: 5 - 13.

Trabalhos completos/resumidos em eventos com arbitragem científica
Papers in conference proceedings with scientific refereeing
1. Dorotovic, Ivan; Rybanský, Marc; Sobotka, M.; Lorenc, Marc; Barandas, Marilia; Fonseca, José M. 2016. "Temporal Evolution of Magnetic Field and Intensity Properties of Photospheric Pores", Trabalho apresentado em Coimbra Solar Physics Meeting, In Coimbra Solar Physics Meeting: Ground-based Solar Observations in the Space Instrumentation Era, Coimbra.
2. Fonseca, José M. 2016. "Evolution of solar activity over a solar cycle – work in progress", Trabalho apresentado em 23rd National Solar Physics Meeting, In Proceedings of 23rd National Solar Physics Meeting, Liptovský Mikuláš, Slovakia.
3. Ueno, S.; Shibata, K.; Ichimoto, K.; Nagata, S.; Dorotovic, Ivan; Shahamatnia, Ehsan; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. 2016. "oles of Ground-based Solar Observations of Hida Observatory toward the Solar-C Era", Trabalho apresentado em Astronomical Society of the Pacific Conference Series, In Astronomical Society of the Pacific Conference Series, Dubrovnic.
4. Mesquita, Nuno; Santinha, Joao; Fonseca, Jose. 2015. "Diffusional kurtosis imaging using a fast heuristic constrained linear least squares algorithm: A plugin for OsiriX", Trabalho apresentado em 2015 IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG), In 2015 IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG), Porto, Portugal.
5. Barandas, Marília; Gamboa, Hugo; Fonseca, José M. 2015. "A real time biofeedback system using visual user interface for physical rehabilitation", Trabalho apresentado em 6th International Conference on Applied Human Factors and Ergonomics (AHFE 2015), In Procedia Manufacturing, Las Vegas.
6. Costa, Ruy; Fonseca, José M; Kullberg, Jose C; Chibeles, Nelson; Santana, Fernando. 2015. "Soft Skills for Science and Technology Students", Trabalho apresentado em World Engineering Education Forum, In Proceedings of the World Engineering Education Forum 2015, Florence, Italy.
7. Costa, Ruy; Kulberg, José C; Fonseca, José M; Chibeles, Nelson. 2014. "CTCT – Competências Transversais em Ciências e Tecnologias – Uma experiência na FCT/UNL", Trabalho apresentado em XV Encontro Nacional de Educação em Ciências (XV ENEC), In Livro de Resumos do XV encontro nacional de educação em ciências, Faro.
8. Grieger, Björn; Fonseca, José M; Costa, Marco; Mora, André D; Almeida, Miguel. 2014. "Towards a SMART-1 Atlas of the Moon", Trabalho apresentado em AOGS 11th Annual Meeting (AOGS2014) , In Proceedings of AOGS 11th Annual Meeting, Sapporo, Hokkaido (Japan).
9. Kandavalli, V; Tran, H; Chandraseelan, J G; Ferreira, C; Fonseca, José M; Ribeiro, Andre S. 2014. "The role of different s factors in the dynamics of transcription during the exponential growth phase", Trabalho apresentado em Symposium on Views into Nuclear Function, In Proceedings of the Symposium on Views into Nuclear Function, Patras.
V Kandavalli, H Tran, J G Chandraseelan, C Ferreira, J M Fonseca and AS Ribeiro (2014) The role of different s factors in the dynamics of transcription during the exponential growth phase. Proceedings of the Symposium on Views into Nuclear Function. Patras, Greece, Sept 11–13, 2014.
10. Shahamatnia, Ehsan; Dorotovic, Ivan; Fonseca, José M; Ribeiro, Rita A. 2014. "On the Importance of an Automated and Modular Solar Image Processing Tool", Trabalho apresentado em European Planetary Science Congress 2014, In EPSC Abstracts, Estoril.
11. Almeida, Miguel; Fonseca, José M; Grieger, Björn; Costa, Marco; Mora, André D. 2014. "Selection, calibration and mosaicing of AMIE images to build a Moon Atlas as seen by SMART-1", Trabalho apresentado em European Planetary Science Congress 2014, In EPSC Abstracts, estoril.
12. Fonseca, José M. 2014. "Structural Deformation Measurements by Image Block Matching Algorithms", Trabalho apresentado em 2nd International Conference of the International Journal of Structural Integrity, In Book of abstracts of the 2nd International Conference of the International Journal of Strucutral Integrity, Funchal.
13. Santinha, Joao; Häkkinen, Antti; Gupta, Abhishekh; Annila, Teppo; Jason Lloyd-Price,; Ribeiro, Andre S; Fonseca, José M. 2014. "Image Alignment and Lineage Construction Tool to Study Segregation and Partitioning in Division of Unwanted Protein Aggregates in Escherichia Coli", Trabalho apresentado em The 11th International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2014, May 15-16, Lisbon, Portugal, In Proceedings of WCSB2014, Caparica.
14. Martins, Leonardo; Ribeiro, Andre S; Fonseca, José M. 2014. "Generator of Synthetic Time-Lapsed, Phase-Contrast Microscopy Images of Growing E. Coli Cell Populations", Trabalho apresentado em The 11th International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2014, May 15-16, Lisbon, Portugal, In Proceedings of WCSB2014, Caparica.
15. Gonçalves, Nadia; Venkata, Ramakanth N; Martikainen, Antti; Santinha, Joao; Fonseca, José M; Ribeiro, Andre S. 2014. "In Vivo Retention of Protein Aggregates in Escherichia Coli", Trabalho apresentado em The 11th International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2014, May 15-16, Lisbon, Portugal, In Proceedings of WCSB2014, Caparica.
16. Cordeiro, H.; Fonseca, J.; Meneses, C.. 2014. "Spectral envelope and periodic component in classification trees for pathological voice diagnostic", Trabalho apresentado em 2014 36th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), In 2014 36th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Chicago, IL, USA.
17. Lorenc, M.; Dorotovic, Ivan; Barandas, Marília; Fonseca, José M. 2014. "Photometry of sunspots depending on changes in the magnetic field", Trabalho apresentado em 22nd National Solar Physics Meeting, In Proc. of the 22nd National Solar Physics Meeting, Nizna.
18. Saliah-Hassane, Hamadou; Correia, Raul C; Fonseca, Jose M. 2013. "A network and repository for online laboratory, based on ontology", Trabalho apresentado em 2013 IEEE Global Engineering Education Conference (EDUCON), In 2013 IEEE Global Engineering Education Conference (EDUCON), Berlin, Germany.
19. Alves, Mário; Fonseca, José M; Pereira, José D. 2013. "A Three-Phase Microgenerator Based Solution for Power Harvesting Applications", Trabalho apresentado em International Conference on Renewable Energies and Power Quality (ICREPQ’13), In Proceedings of the International Conference on Renewable Energies and Power Quality, Bilbao.
20. Mora, Andre; Fonseca, Jose M; Ribeiro, Rita. 2013. "Real-time image recovery using temporal image fusion", Trabalho apresentado em 2013 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ-IEEE), In 2013 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ-IEEE), Hyderabad, India.
21. Shahamatnia, Ehsan; Dorotovic, Ivan; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. 2013. "A PSO/Snake Hybrid Algorithm for Determining Differential Rotation of Coronal Bright Points", Trabalho apresentado em IJCCI 2013 - International Joint Conference on Computational Intelligence, In Proceedings of IJCCI 2013, Vilamoura.
22. Mora, André D; Soares, João; Fonseca, José M. 2013. "A template matching technique for artifacts detection in retinal images", Trabalho apresentado em ISPA 2013 - 8th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis, In Proceedings of , Trieste.
23. Fonseca, José M. 2013. "Segmentation of microcopy images using gradient path labeling and artificial intelligence techniques", Trabalho apresentado em The 10th International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2013, In Proceedings of The 10th International Workshop on Computational Systems Biology, Tampere.
24. Cordeiro, Hugo; Fonseca, José M; Menezes, Carlos. 2013. "Edema and Nodulos Identification in vowels using spectral features and jitter ", Trabalho apresentado em CETC'2013 - Conference on Electronics, Telecommunications and Computers, In Proceedings of CETC'2013, Lisboa.
25. Cordeiro, Hugo; Fonseca, José M; Menezes, Carlos. 2013. "Lpc Spectrum First Peak Analysis For Voice Pathology Detection", Trabalho apresentado em HCist'2013 - International Conference on Health and Social Care Information Systems and Technologies, In Proceedings of HCIST2013, Lisboa.
26. Silveira, Tiago; Kozakevicius, Alice; Fonseca, José M; Mora, André D. 2012. "Uma proposta de segmentacão de imagens de bactérias Eschirichia Coli obtidas por microscopia de fluorescência", Trabalho apresentado em 34º Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, In Actas do 34º Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, Águas de Lindôa.
27. Martins, Leonardo; Ribeiro, Andre S; Mäkelä, Jarno; Häkkinen, Antti; Fonseca, José M. 2012. "Stochastic model of transcription initiation of closely spaced promoters in Escherichia coli", Trabalho apresentado em Ninth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, In Proceedings of the Ninth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, Houston, Texas.
28. Queimadelas, Cátia; Rodrigues, João; Muthukrishnan, A-B.; Mora, André D; Ribeiro, Andre S; Fonseca, José M. 2012. "Segmentation and tracking of Escherichia coli expressing tsr-venus proteins from combined DIC/Fluorescence images", Trabalho apresentado em MEDSIP 2012 - 5th International Conference on Advances in Medical Signal and Information Processes , In Proceedings of MEDSIP 2012, Liverpool.
DOI: 10.13140/2.1.3835.3924.
29. Fonseca, José M; Grieger, Björn; Mora, André D; Almeida, Miguel; Costa, Marco; Antunes, Luís; Fernandes, Vera. 2012. "SMARTIC – EXPLORING SMART-1 IMAGES", Trabalho apresentado em The Global Space Exploration Conference, In Proceedings of The Global Space Exploration Conference, Washington.
30. Correia, Raul C; Fonseca, Jose M; Donnellan, Andrew. 2012. "Ontology: A support structure for a v-labs network, the euronet - lab", Trabalho apresentado em 2012 9th International Conference on Remote Engineering and Virtual Instrumentation (REV), In 2012 9th International Conference on Remote Engineering and Virtual Instrumentation (REV), Bilbao, Spain.
31. Rybanský, M.; Dorotovic, Ivan; Lorenc, M.; Shahamatnia, Ehsan; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. 2012. "Search for jet stream", Trabalho apresentado em 21st National Solar Physics Meeting, In Proceedings of the 21st National Solar Physics Meeting, Stará Turá.
32. Fonseca, José M; Grieger, Björn; Mora, André D; Almeida, Miguel; Costa, Marco; Antunes, Luís; Fernandes, Vera. 2012. "Calibration and Mosaicing of SMART-1 Images", Trabalho apresentado em European Planetary Science Congress 20, In Proceedings of the European Planetary Science Congress 2012, Madrid.
33. Cordeiro, Raúl; Fonseca, José M; Donnellan, Andrew. 2012. "The use of an Ontology as support of a Virtual Lab and Remote Labs Network Euronet - Lab", Trabalho apresentado em ICL 2012 - International Conference on Interactive Collaborative Learning, In Proceedings of ICL2012, Villach, Austria .
34. Almeida, G.; Melicio, F.; Fonseca, J.. 2012. "Block Matching Algorithms for Load Test Evaluation", Trabalho apresentado em The Eighth International Conference on Engineering Computational Technology, In Proceedings of the Eighth International Conference on Engineering Computational Technology, Dubrovnik, Croatia.
35. Correia, Raul C; Fonseca, Jose M; Donellan, Andrew. 2012. "Euronet lab a cloud based laboratory environment", Trabalho apresentado em 2012 IEEE Global Engineering Education Conference (EDUCON), In Proceedings of the 2012 IEEE Global Engineering Education Conference (EDUCON), Marrakech, Morocco.
36. Fonseca, Jose M; Rodrigues, Nuno M; Mora, Andre D; Ribeiro, Rita A. 2011. "Optical character recognition using automatically generated Fuzzy classifiers", Trabalho apresentado em 2011 Eighth International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (FSKD), In 2011 Eighth International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (FSKD), Shanghai, China.
37. Shahamatnia, Ehsan; Dorotovic, Ivan; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. 2011. "Swarm Intelligence and Snake Model For Automatic Sunspot Tracking ", Trabalho apresentado em AI in Space: Intelligence beyond planet Earth, In Proceedings of the AI in Space: Intelligence beyond planet Earth Workshop, Barcelona.
38. Almeida, Graça; Fonseca, José M; Melicio, Fernando. 2011. "Displacement measurements with block motion algorithms", Trabalho apresentado em VIPIMAGE - III ECCOMAS Thematic Conference on Computational Vision and Medical Image Processing, In Proceedings of the III ECCOMAS Thematic Conference on Computational Vision and Medical Image Processing: VipIMAGE 2011, Olhão.
39. Lisboa, Paulo J. G; Fernandes, Ana S; Fonseca, Jose M; Bajdik, Chris; Biganzoli, Elia. 2010. "Assessment of benefit vs. risk of drug therapy: The potential for outcome analysis with flexible models", Trabalho apresentado em 2010 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), In The 2010 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), Barcelona, Spain.
40. Almeida, Graça; Biscaia, Hugo; Chastre, Carlos; Melicio, Fernando; Fonseca, José M. 2010. "Displacement estimation of a RC beam test based on TSS algorithm", Trabalho apresentado em CISTI 5th Iberian Conference on Information Systems and Technologies, In Preceedings of CISTI 2010, Santiago de Compostela.
41. Correia, Raul C; Fonseca, José M. 2010. "Euronet Lab, a Cloud V-Lab Environment", Trabalho apresentado em CISTI 2010, In Proceedings of CISTI 2010, Santiago de Compostela.
42. Fernandes, Ana S; Bacciu, Davide; Jarman, Ian H; Etchells, Terence A; Fonseca, José M; Lisboa, Paulo J. G. 2009. "p-Health in Breast Oncology: A Framework for Predictive and Participatory e-Systems", Trabalho apresentado em 2009 Second International Conference on Developments in eSystems Engineering (DESE), In 2009 Second International Conference on Developments in eSystems Engineering, Abu Dhabi, UAE.
43. Alves, David S; Paulus, Jouni; Fonseca, José M. 2009. "Drum Transcription from Multichannel Recordings with Non-Negative Matrix Factorization", Trabalho apresentado em 17th European Signal Processing Conference (EUSIPCO 2009), In Proceedings of the 17th European Signal Processing Conference, Glasgow, Scotland.
44. Fernandes, Ana S; Jarman, Ian H; Etchells, Terence A; Fonseca, José M; Biganzoli, Elia; Bajdik, Chris; Lisboa, Paulo J. G. 2008. "Missing Data Imputation in Longitudinal Cohort Studies: Application of PLANN-ARD in Breast Cancer Survival", Trabalho apresentado em 2008 Seventh International Conference on Machine Learning and Applications, In 2008 Seventh International Conference on Machine Learning and Applications, San Diego, CA, USA.
45. Moitinho, Fernando; Mora, Andre D; Vieira, Pedro; Fonseca, José M. 2008. "A Drusen volume quantification method based on a segmentation algorithm", Trabalho apresentado em VipIMAGE ECCOMAS, In Computational Vision and Mewdical Image Processing; VipIMAGE 2007 VipIMAGE ECCOMAS , Porto.
46. Dorotovic, Ivan; Fernandes, João; Fonseca, José M; Moreira, Carlos; Ribeiro, Rita A. 2006. "COSIS: Coimbra Observatory Solar Information System", Trabalho apresentado em XVI Encontro Nacional de Astronomia e Astrofísica, In Proceedings do XVI Encontro Nacional de Astronomia e Astrofísica, Espinho.
47. Moitinho, Fernando; Mora, André D; Vieira, Pedro; Fonseca, José M. 2007. "Image Segmentation for Drusen Spots Detection and Modelling", Trabalho apresentado em CIMED2007, In Proceedings of CIMED2007, Plymouth.
48. Taktak, Azzam; Ferreira, Henrique; Granjo, Sara; Aung, M.S.H.; Dimou, Ioannis; Lisboa, Paulo J. G; Zervakis, Mickalis; Fonseca, José M. 2007. "Web-Based Analysis for the Survival of the General Population in Europe", Trabalho apresentado em 3rd International Conference on. Computational Intelligence in Medicine and Healthcare , In CIMED2007 Proceedings, Plymouth.
49. Moitinho, F; Mora, Andre D; Vieira, Pedro M; Fonseca, Jose M. 2007. "Image Segmentation for Drusen Spots Detection and Modelling", Trabalho apresentado em CIMED2007 - Third International Conference on Computational Intelligence in Medicine and Healthcare, In CIMED2007 - Third International Conference on Computational Intelligence in Medicine and Healthcare, Plymouth, England.
50. Mora, André D; Fonseca, José M; Vieira, Pedro. 2006. "Quantification of Drusen Deposits Using Image Processing Techniques", Trabalho apresentado em EVER-2006, In EVER-2006 Proceedings, Vilamoura.
51. Grillo, M. M; Lopes, David; Mora, André D; Ferreira, Ana; Fonseca, José M; Vieira, Pedro M. 2006. "Software for the Semi-Automatic Determination of The Retinal Vessel Diameter", Trabalho apresentado em EVER-2006, In EVER-2006 Proceedings, Vilamoura.
52. Mora, Andre D; Fonseca, Jose M; Vieira, Pedro M. 2006. "Quantification of Drusen Deposits using Image Processing Techniques", Trabalho apresentado em European Association for Vison and Eye Research - EVER2006, In European Association for Vison and Eye Research - EVER2006, Vilamoura, Portugal.
53. Fonseca, José M; Mora, André D; Vieira, Pedro. 2005. "Detecção de Drusas em Imagens de Retinografia", Trabalho apresentado em Jornadas de Engenharia Electrónica e Telecomunicações e de Computadores – JETC’05. ISEL, Lisboa, Portugal – 17-18 November 2005, In Jornadas de Engenharia Electrónica e Telecomunicações e de Computadores – JETC’05, Lisboa.
54. Fonseca, José M; Mora, André D; Marques, Ana C. 2005. "MAMIS – Um Sistema Multi-agente para Informação Médica", Trabalho apresentado em Jornadas de Engenharia Electrónica e Telecomunicações e de Computadores – JETC’05. ISEL, Lisboa, Portugal – 17-18 November 2005, In Jornadas de Engenharia Electrónica e Telecomunicações e de Computadores – JETC’05, Lisboa.
55. Fonseca, Jose M; Mora, Andre D; Vieira, Pedro M. 2005. "Detecção de Drusas em imagens de retinografia", Trabalho apresentado em 3ª Jornadas de Engenharia de Electrónica e Telecomunicações e de Computadores, In 3ª Jornadas de Engenharia de Electrónica e Telecomunicações e de Computadores, ISEL, Lisboa, Portugal.
56. Iglesias, O.; Ribeiro, R.A.; Fonseca, J.R.. 2004. "A fuzzy multi-agent bidding model", Trabalho apresentado em Proceedings. IEEE/WIC/ACM International Conference on Intelligent Agent Technology, 2004. (IAT 2004)., In Proceedings. IEEE/WIC/ACM International Conference on Intelligent Agent Technology, 2004. (IAT 2004)., Beijing, China.
57. Fonseca, Jose M; Mora, Andre D. 2004. "An AI based approach to the learners profile estimation", Trabalho apresentado em CE2004: The 11th ISPE International Conference on Concurrent Engineering: Research and Applications, In CE2004: The 11th ISPE International Conference on Concurrent Engineering: Research and Applications, Pequim, R. P. China.
58. Mora, A.; Fonseca, J.; Martins, J.; Steiger-Garcao, A.. 2003. "LIBS chemical images analysis for fatigue estimation in industrial materials", Trabalho apresentado em 3rd International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis, 2003. ISPA 2003., In 3rd International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis, 2003. ISPA 2003. Proceedings of the, Rome, Italy.
59. Mora, Andre D; Fonseca, Jose M; Martins, J; Steiger-Garcao, A.. 2003. "Análise de imagens químicas para estimação do estado de conservação em instalações industriais", Trabalho apresentado em 8º Congresso Luso-Espanhol de Engenharia Electrot\'{e}cnica, In 8º Congresso Luso-Espanhol de Engenharia Electrot\'{e}cnica, Vilamoura, Portugal.
60. De Oliveira, E; Fonseca, José M; Jennings, Nick. 1999. "Learning to be Competitive in the Market", Trabalho apresentado em AAAI Workshop on Negotiation: Settling Conflicts and Identifying Opportunities, In AAAI Technical Report WS-99-12. Compilation, Orlando.
61. De Oliveira, E; Fonseca, José M; Steiger-Garcao, Adolfo. 1999. "Multi-Criteria Negotiation on Multi-Agent Systems", Trabalho apresentado em CEEMAS’99 – First International Workshop of Central and Eastern Europe on Multi-Agent Systems, 30 May-3 June 1999, In Proceedings of CEEMAS’99 , S. Petersburgo, Rússia.
62. Fonseca, Jose M; Mora, Andre D; Oliveira, E; Steiger-Garcao, A.. 1999. "Negociação aplicada à Gestão de Recursos baseada em Sistemas Multi-Agente", Trabalho apresentado em 6as Jornadas Luso-Espanholas de Engenharia Electrotécnica, In 6as Jornadas Luso-Espanholas de Engenharia Electrotécnica, Costa da Caparica, Portugal.
63. Mora, Andre D; Fonseca, Jose M; de Oliveira, E; Steiger-Gar\c{c}\~{a}o, A. 1998. "Multi-Agent systems in Resource Managing - A case study", Trabalho apresentado em Conti'98 - International Conference on Technical Informatics, In Conti'98 - International Conference on Technical Informatics, Timisoara, Romenia.
64. Ribeiro-Fonseca, J.; Correia, L.. 1994. "Identification of underwater acoustic noise", Trabalho apresentado em OCEANS'94, In Proceedings of OCEANS'94, Brest, France.
65. Fonseca, J.M.; Moura-Pires, F.. 1992. "Ship Noise Evaluation Based On Segmented Decision Trees", Trabalho apresentado em IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems, In Proceedings of the IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems, Raleigh, NC.
66. Fonseca, José M; Barata, Manuel M; Steiger-Garção, Adolfo. 1990. "Predictive Monitoring Environment for CNC Machining", Trabalho apresentado em IEEE International Workshop on Intelligent Motion Control, Istambul, Turquia, Agosto 1990, In Proccedings, Istambul.

Artigos em revistas sem arbitragem científica
Papers in periodics without scientific refereeing
1. Cordeiro, Hugo; Fonseca, José; Guimarães, Isabel; Meneses, Carlos. 2016. "Hierarchical Classification and System Combination for Automatically Identifying Physiological and Neuromuscular Laryngeal Pathologies", Journal of Voice 1, 1: 1 - 10.

Trabalhos completos/resumidos em eventos sem arbitragem científica
Papers in conference proceedings without scientific refereeing
1. Fonseca, José M. 2016. "In vivo single-molecule dynamics of transcription of the viral T7 Phi 10 promoter in Escherichia coli", Trabalho apresentado em The 8th International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies (BIOTECHNO 2016), In BIOTECHNO 2016, The Eighth International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies, Lisboa.
2. Canelas, Pedro; Martins, Leonardo; Mora, André; S. Ribeiro, A; Fonseca, José. 2016. "An Image Generator Platform to Improve Cell Tracking Algorithms - Simulation of Objects of Various Morphologies, Kinetics and Clustering", Trabalho apresentado em 6th International Conference on Simulation and Modeling Methodologies, Technologies and Applications, In Proceedings of the 6th International Conference on Simulation and Modeling Methodologies, Technologies and Applications, Lisbon, Portugal.
3. Santinha, Joao; Goncalves, Nadia; Mora, Andre D; Ribeiro, Andre S; Fonseca, Jose. 2015. "A nucleoid segmentation method robust to varying nucleoid number", Trabalho apresentado em 2015 IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG), In 2015 IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG), Porto, Portugal.
4. Martins, Leonardo; Fonseca, Jose; Ribeiro, Andre. 2015. "‘miSimBa’ — A simulator of synthetic time-lapsed microscopy images of bacterial cells", Trabalho apresentado em 2015 IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG), In 2015 IEEE 4th Portuguese Meeting on Bioengineering (ENBENG), Porto, Portugal.
5. Almeida, Miguel; Fonseca, José M. 2011. "Pattern recognition for the creation of synthetic flat fields", Trabalho apresentado em Inter-Departmental Science Workshop 2011 - IDSW 2011, In Proceedings of the Inter-Departmental Science Workshop 2011 , Toledo.
6. Correia, Raúl D. F. C. M. C; Donnellan, Andrew; Fonseca, José M. 2011. "Poster - Euronet Lab a Cloud V-Lab Enviroment", Trabalho apresentado em DOCEIS 2011, In Technological Innovation for Sustainability (mas os posters não são publicados), Costa da Caparica - Lisboa.
7. Correia, Raúl F. C. M; Fonseca, José M. 2010. "Euronet Lab, A Cloud V-Lab Enviroment", Trabalho apresentado em 5a Conferencia Ibérica de Sistemas y Tecnologias de Informácion, In Sistemas y Tecnologias de Información, Santiago de Compustela.



Produto com registo ou patente
Product with patent or official record
1. Fonseca, José M. ARINCA - Armazém Seguro de Cartões de Identificação Personalizados,2008.
Tipo de produto: Outro;Natureza do produto: Equipamento.
Patente: Modelo Industrial/Modelo.n. 104061,"Armazém Seguro de Cartões de Identificação Personalizados".26 set. 2007(Depósito);10 jul. 2008(Concessão).

Software sem registo ou patente
Software without patent or official record
1. Fonseca, José M; Mora, André D. Pharmcare - Pharmaceutical Care Support Software ,2008.

Processo sem registo ou patente
Process without patent or official record
1. Fonseca, José M. IEEE EdSoc Standard Committee Member - P1876 WG,2013.
Tipo de processo ou técnica: Projeto;Natureza do processo ou técnica: Instrumental.

Apresentação oral de trabalho
Oral work presentation
1. Fonseca, José M. Segmentação de imagem em aplicações biomédicas,Palestra,Lisboa,2014 (Seminário).
Palestra em 28 de Novembro de 2014.
2. Mora, André D; Fonseca, José M. Biomedical Research in CA3 Research Group,IEEE EMBS - Distinguished Lecture Series,Monte da Caparica,2014 (Seminário).
3. Correia, Raul C; Fonseca, José M. New Paradigms of E-learning and Industry: Remote and Virtual Labs,REV2014 - 11th International Conference on Remote Engineering and Virtual Instrumentation,Porto,2014 (Poster).
4. Saliah-Hassane, Hamadou; Correia, Raul C; Fonseca, José M. Brain Storm for Draft of P-1876 project,IEEE-SA P1876 Working Group Meeting on Standard on Networked Smart Learning Objects for Online Laboratories,Berlim, Alemanha,2013 (Outra).
5. Fonseca, José M; Mora, André D. Tratamento de Sinal e Imagem aplicada à Biomedicina,1.º Encontro Nacional de Física Médica e Engenharia Biomédica,Lisboa,2013 (Comunicação).
6. Martins, Leonardo; Ribeiro, Andre S; Fonseca, José M. Stochastic Model of Transcription Initiation of Closely Spaced Promoters in Escherichia Coli,ENEEB Coimbra - Encontro Nacional de Estudantes de Engenharia Biomédica,Coimbra,2013 (Poster).
7. Fonseca, José M; Mora, André D. Biomedical Applications of Digital Image Processing,JORTEC2013 - Biomedical Engineering, A Glance at the Future,Lisboa,2013 (Conferência ou palestra).
8. Dorotovic, Ivan; Shahamatnia, Ehsan; Lorenc, Marc; Rybanský, Marc; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M. Differential Rotation of Coronal Bright Points Determined using PSO/Snake Algorithms,European Week of Astronomy and Space Science 2012,Roma,2012 (Poster).
9. Cordeiro, Hugo; Menezes, Carlos; Fonseca, José M. Voice Pathology Detection and identification using speech processing techniques,3rd Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems (DoCEIS'12),Costa da Caparica,2012 (Poster).
10. Brunner, Simon; Mora, André D; Fonseca, José M; Weber, Tina; Falkner-Radler, Christiane I; Oeser, Reinhard; Binder, Susanne. Drusen and geographic atrophy quantification with the MD3RI Tool in non-exsudative AMD before and after cataract surgery: a short-term prospective randomized trial,2nd Workshop on Data Analysis and Modeling Retina in Health and Disease ,Costa da Caparica,2012 (Comunicação).
11. Assadi, Amir; Ribeiro, Rita A; Fonseca, José M; Mora, André D; Campanella, Gianluca. Model Reduction of Massive High Dimensional Biological Image Data and Soft Computing,World Conference on Soft Computing, San Francisco State University, San Francisco, USA, May 23-26,San Francisco,2011 (Comunicação).
12. Fonseca, José M; Gomes, Carla; Costa, Ruy. Artificial Intelligence for b-learning effectiveness evaluation,DOCEIS 2011, 2nd Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems,2011 (Poster).
13. Fonseca, José M; Cordeiro, Raúl; Donnellan, Andrew. Euronet Lab, a Cloud V-Lab Environment,DOCEIS 2011, 2nd Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems,Costa da Caparica,2011 (Poster).
14. Fonseca, José M. Photogrammetric and Civil Engineering,DOCEIS 2010, Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems, 22-24 February 2010, Costa da Caparica, Portugal,Costa da Caparica,2010 (Poster).
15. Fonseca, José M; Meira, Manuel; Mora, André D; Elias, Jorge. SINAIS - AIS based navigational-aid system,28th Waterborne Transport Committee Meeting,Venice ,2009 (Comunicação).
16. Dorotovic, Ivan; Fernandes, João; Fonseca, José M; Moreira, Carlos; Ribeiro, Rita A. COSIS: Coimbra Observatory Solar Information System,2006 (Poster).
17. Fonseca, José M; De Oliveira, E; Steiger-Garção, Adolfo. Negotiation and Resources Cost Calculation in a MAS for Civil Construction Companies,MAMAAW'97; Ronneby, Sweden, June 1997,Ronneby, Sweden,1997 (Poster).

Curso de curta duração lecionado
Taught short course
1. Fonseca, José M; Vieira, Pedro. 2º Curso Monográfico em Tratamento de Imagem Digital , 2006 (Extensão), promovido por Centro de Diversificação Curricular da FCT/UNL.
Duração: 24 horas., Tipo de participação: Docente.
2. Fonseca, José M. 1º Curso Monográfico em Tratamento de Imagem Digital, 2004 (Extensão), promovido por Centro de Diversificação Curricular da FCT/UNL.
Duração: 24 horas., Tipo de participação: Docente.
Curso aprovado pelo Conselho Científico da FCT/UNL. Organizador e docente.

Manutenção de obra artística
Art work maintenance
1. Fonseca, José M. M. R.; Pereira, Ana I. Palmeiras,1974 (Restauração / Outra).
Trabalho efectuado em colaboração com o Departamento de Conservação e Restauro da FCT/UNL.

Organização de evento
Event organization
1. Fonseca, José M. HEALTHINF 2015 - International Conference on Health Informatics,2015 (Congresso / Organização).
2. Fonseca, José M. The 3rd Experiment@International Conference,2015 (Congresso / Organização).
3. Fonseca, José M. European Planetary Science Congress 2014,2014 (Congresso / Outra).
4. Fonseca, José M. International Workshop on Computational Systems Biology,2014 (Encontro / Outra).
5. Fonseca, José M. HEALTHINF 2014 - International Conference on Health Informatics,2014 (Congresso / Organização).
6. Fonseca, José M. The 10th International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2013,2013 (Congresso / Outra).
7. Fonseca, José M. CETC2103 - Conference on Electronics, Telecomunications and Computers,2013 (Congresso / Outra).
5 e 6 de Dezembro 2013.

8. Fonseca, José M. 5th INTERNATIONAL CONFERENCE ADVANCES IN MEDICAL SIGNAL AND INFORMATION PROCESSING,2012 (Congresso).
9. Fonseca, José M. BIOMED2013 - The 10th IASTED International Conference on Biomedical Engineering,2012 (Congresso / Outra).
10. Fonseca, José M. INISTA'2012 - International Symposium on INnovations in Intelligent SysTems and Applications,2012 (Simpósio / Outra).
11. Fonseca, José M. DAMOR'2012 - 2nd Workshop on Physics of Retina in Health and Disease,2012 (Simpósio / Outra).
12. Fonseca, José M. DoCEIS'12 - Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems,2012 (Congresso).
13. Fonseca, José M. 1st Workshop on Data Analysis and Modeling Retina in Health and Disease,2011 (Simpósio / Outra).
14. Fonseca, José M. Member of the Organizing Committee of IBERSENSOR 2010, 7th Ibero-American Congress on Sensors,2010 (Conferência).
9-10 November 2010, Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, Lisboa, Portugal.
15. Fonseca, José M. Session Chair of “Healthcare Systems and Telemedicine”,2005 (Congresso).
Third IASTED International Conference on Biomedical Engineering - BioMED 2005 - Innsbruck, Austria, 16-18 February 2005.
16. Fonseca, José M. Conference Chair of CIMED2005 - Second International Conference on Computacional Intelligence in Medicine and Healthcare,2005 (Congresso).
Costa da Caparica, Portugal, 29th June to 1st July 2005.
17. Fonseca, José M. CIMED2005 - Second International Conference on Computacional Intelligence in Medicine and Healthcare,2005 (Conferência).
Session Chair of “Emerging eDelivery Technologies for healthcare” session. Costa da Caparica, Portugal , 29th June to 1st July 2005 .
18. Fonseca, José M. Session Chair of “eServices” Session ,2005 (Oficina).
1st on-line workshop on Medical Data Acquisition Standards and Protocols (MEDASP2005), 12-20 January 2005.
19. Fonseca, José M. Técnicas de processamento de imagem em Biomédica,2005 (Conferência).
Conference organized by the Board of Estudantes of Science and Technology (BEST), FCT-UNL, 30th March 2005.
20. Fonseca, José M. Special Session “Agents and Multi-agent systems” ,2003 (Outro).
CE2003 - 10th ISPE International Conference on Concurrent Engineering – Research an Applications, 16-20 July 2003.
21. Fonseca, José M. ECPPM 2000 – Product and Process Modelling in Building and Construction,2000 (Congresso).
Member of the Organising Committee. Costa da Caparica, Lisboa, Portugal, 25-27 September 2000.
22. Fonseca, José M. MASTA’97 - Workshop on Multi-Agent Systems: Theory and Applications,1997 (Oficina).
Member of the Organising Committee. Coimbra, 6-9 October 1997.

Outra produção técnica
Other technical production
1. Fonseca, José M; Mora, André D. Tratamento de Sinal e Imagem aplicada à Biomedicina - 1º Encontro Nacional de Física Médica e Engenharia Biomédica,2013.
8 de Novembro de 2013.





Dados Complementares (Additional data)


Orientações
Orientations


Tese de Doutoramento
Phd Thesis
Concluídas
Completed
1. Graça Vieira de Brito Almeida, Image Processing for Displacement Measurements, 2015. Tese (Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Aprovada por unanimidade no dia 26 de Janeiro de 2015.
2. André Teixeira Bento Damas Mora, Advanced image processing techniques for detection and quantification of Drusen, 2010. Tese (Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa, Bolseiro(a) de Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Orientador).
Terminado em 16 de Dezembro de 2010 - Finished 16th December 2010.
3. Ana Sofia Fachada Fernandes, Prognostic Modelling of Breast Cancer Patients – A Benchmark of Predictive Models With External Validation, 2010. Tese (Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Terminado em 8 de Outubro de 2010 - Finished 8th February 2010.
Em curso
Ongoing
1. Shirin Najdi, A definir, 2015. Tese (Doutoramento em Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
2. Ali Gharbali, A definir, 2015. Tese (Doutoramento em Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
3. Carlos Manta Oliveira, A definir, 2013. Tese (Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Em curso - undergoing.
4. Hugo Cordeiro, Identificação de Patologias da Voz usando Técnicas de Processamento de Fala, 2011. Tese (Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Co-orientador).
Em curso - undergoing.
5. Mário Alves, A defiinir, 2011. Tese (Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Co-orientador).
Em curso - undergoing.
6. Raúl de Figueiredo Cordeiro de Magalhães Correia, Euronet Lab: proposal of an innovative Cloud V-Lab Environment, 2009. Tese (Engenharia Electrotécnica) - Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Em curso - undergoing.


Dissertação de Mestrado
Master degree dissertation
Concluídas
Completed
1. Pedro Filipe Guerreiro Canelas, Simulation of biologically inspired object movement for the study of object tracking algorithms, 2016. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
2. Pedro Miguel Raminhos Ferreira, Microscopy image segmentation by active contour models, 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Discutido em 9/7/2014 com a nota final de 16 valores.
3. Nuno Maria Sampaio Mesquita, Diffusional Kurtosis Imaging using a fast Heuristic Constrained Linear Least Squares Algorithm: a plugin for OsiriX, 2014. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
4. Luis Miguel Gonçalves Miranda, Data Fusion with Computational Intelligence techniques: a case study of Fuzzy Inference for terrain assessment, 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Discutido em 11/5/2014 com a nota final de 17 valores.
5. Cristiana Isabel Martins Ferreira, Study of the influence of Sigma factors on the kinetics of RNA production, 2014. (Orientador).
Finished 12th November 2014.
6. Rita Filipa Gomes Figueiredo, Validação de Protocolo em Programas de Rastreio, 2014. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Finished 2nd December 2014.
7. Sara Cristina Cordeiro Praça, RetInfo - Identificação de alterações retinianas usando processamento digital de imagem, 2013. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Co-orientador).
Finished 13th November 2013.
8. Filipe Alexandre Joaquim Francisco, RetQuality - Validador de qualidade de retiniografias, 2013. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Co-orientador).
Finished 5th June 2013 .
9. Marília da Silveira Gouveia Barandas, Development of a Biofeedback Protocol Based on Microsoft Kinect, 2013. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Co-orientador).
Finished 9th December 2013.
10. Marco António Bernardino Raimundo Costa, Calibration, Selection and Mosaicing of SMART-1 AMIE Images, 2013. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Aprovado em 25/10/2013 com 19 valores.
11. Tiago António Elias da Silva Freitas, Estabilização de vídeos com base em descritores H.264, 2013. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Finished 19th April 2013 .
12. João Carlos Moura Évora Rodrigues, Segmentação, seguimento e avaliação automática de bactérias em imagens de microscópio, 2013. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Finished 24th April 2013 .
13. Tânia Cristina Viegas Tomaz, Detecção automática de vasos sanguíneos em imagens da retina para determinação do coeficiente AVR, 2013. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Co-orientador).
Finished 2nd May 2013 .
14. Cátia Cristina Arranca Queimadelas, Automated segmentation, tracking and evaluation of bacteria im microscopy images, 2012. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Finished 14th November 2012 .
15. Márcio Joaquim da Cunha Lopes, Projecto e implementação de um Sistema para Electrofiação Controlado por Computador, 2012. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Co-orientação da Professora Doutora Maria Helena Godinho. Defendido em 15 de Junho de 2012 com a nota de 18 valores. .
16. João Miguel Rocha Soares, Detecção de artefactos em imagens da retina, 2012. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Co-orientador).
Finished 12th December 2012 .
17. Bruno Miguel Oliveira Alves, Desenvolvimento de um sistema de medição de distâncias por focagem óptica, 2011. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 14 de Janeiro 2011 .
18. Pedro Luís Alves, Sistema On-Line de Apoio à decisão para médicos oncológicos, 2011. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 10 de Janeiro de 2011.
19. Leonardo Pedro Donas-Boto de Vilhena Martins, Stochastic Model for Transcription Initiation of Closely Spaced Promoters in Escherichia Coli, 2011. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Finished 7th December 2011 .
20. João Miguel Baia Simões, Monitorização de redes de computadores - estudo e proposta de uma nova solução, 2011. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 11 de Janeiro de 2011.
21. Bruno Miguel Marques Rodrigues, Análise e simulação de técnicas de análise de Stocks – O mercado de retalho como caso de estudo, 2010. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 14 de Dezembro 2010 .
22. Pedro Nuno Extreia Ribeiro Semeano, Programa de controlo de acessos com configuração de regras em XML, 2010. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 29 de Abril de 2010.
23. Jorge Rodrigo Marreiros Duarte Elias, Sistema de apoio à navegação baseado em AIS, 2010. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 13 de Dezembro de 2010.
24. Ricardo João Pimenta de França Coutinho Ramos, Estudo de novas técnicas de caracterização da resposta eléctrica em Biosensores para detecção de componentes agrícolas, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 11 de Dezembro de 2009.
25. Pedro Miguel Vieira Guiomar da Rocha, Sistema de visão para apoio à avaliação da obstrução da orofaringe em crianças, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 9 de Dezembro de 2009.
26. Bernardo Manuel da Silva Coelho Garcia Barbosa, Projecto e implementação de um sistema de apoio ao seguimento Farmacoterapeutico, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 5 de Maio de 2009.
27. Ricardo José Fernandes Pereira, Programa de monitorização para apoio a doentes domiciliados, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 22 de Janeiro de 2009.
28. Teresa Isabel de Oliveira Maia Rebelo, Detecção e quantificação automática da actividade solar, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 28 de Maio de 2009.
29. Abílio Manuel Figueira de Abreu, Detecção de incêndios nocturnos através de processamento digital de imagens, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 14 de Dezembro de 2009.
30. Hélio Alexandre Malão Martins, Image Retrieval efficiency based on selected MPEG-7 descriptors, 2009. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 29 de Abril de 2009.
31. David dos Santos Alves, Drum transcription from multi-channel recording with non-negaytive matrix factorization, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 26 de Março de 2009.
32. Fernando Miguel Bernardo Moitinho, Detecção automática de Drusas em imagens de retinografia, 2009. Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 5 de Fevereiro de 2009.
33. Tiago Trigueiro Santos, Projecto e Desenvolvimento de uma aplicação de suporte à gestão de manipulação e consultas farmacêuticas, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 21 Dezembro de 2009.
34. João Reis Costa Mendes, Real Time Mobile System for Support in Firefighting Environments, 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 2 de Dezembro de 2009.
35. Ricardo Jorge Pires Correia Farinha, Segmentation of Striatal Brain Structures From High Resolution Pet Images, 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 22 de Julho de 2008.
36. Sara Valério Granjo, Estudo e implementação de algoritmos de classificação automática para disponibilização em portais on-line, 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 14 de Março de 2008.
37. David Miguel Vera Cruz Beja, Avaliação Automática de Deformação de Micro-Estruturas em Cristais Líquidos por Processamento de Imagens, 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 11 de Setembro de 2008.
38. Nelson Filipe Bôto Ribeiro, Sistema sem fios para monitoração de vida em tempo real de pacientes domiciliados”, 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 12 de Maio de 2008.
39. Henrique Braz Falcão Ferreira, Expert Decision Support System, 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 14 de Março de 2008.
40. Carlos Manuel Coutinho Moreira, Sistema Automático de Identificação e Caracterização de Zonas de Actividade em Imagens Solares, 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 16 de Julho de 2008.
41. Joana Crisna Gonzaga Caseiro Carreira Panaca, Sistema de interligação hospitalar para envio/recepção de imagens médicas, 2007. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 19 de Julho de 2007.
42. Ana Celeste Alegre Marques, Uma Arquitectura Multi-Agente para a Partilha de Informação Médica Distribuída, 2007. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 25 de Maio de 2007.
43. André Teixeira Bento Damas Mora, Automatização do processo de estimação do estado de conservação de materiais utilizando espectrometria laser, 2002. Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em 20 de Setemebro de 2002.


Trabalho de conclusão de curso de Bacharelato/Licenciatura
Bachelor/Licenciate degree conclusion work
Concluídas
Completed
1. Carlos Jorge da Costa Figueira, ARINCA – Armazém Automático de Cartões, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
2. Rodrigo Miguel Guerreiro, SCUTSupport – Projecto de um programa de apoio à conferência automática da facturas das SCUT pela EP, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em Setembro 2006.
3. Sofia Alexandra Pinho, Sistema de Aquisição e Envio de Dados para Hospital, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
4. Ana Sofia Fachada Fernandes, Sistema de Monitorização e Detecção de Falha de Vida Hospitalar, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
5. Décio Filipe Marques Buarqueiro Ferreira, Automatização usando LabVIEW de um sistema para estudos de tempo de fluorescência em Amostras Biológicas, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em Outubro de 2006.
6. Nuno Miguel Garrido , SCUTSupport – Projecto de um programa de apoio à conferência automática da facturas das SCUT pela EP, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em Setembro de 2006.
7. Jorge Miguel Rosa , Sistema de Aquisição e Envio de Dados para Hospital, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
8. Nuno Miguel Videira Pinto, KeyStroke Analyser, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em Novembro 2006.
9. Fernando Miguel Bernardo Moitinho, Detecção Automática de Manchas em Imagens da Retina, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
10. Nuno Filipe Ramalho Colaço de Almeida Coelho , ARINCA – Armazém Automático de Cartões, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em Outubro de 2006.
11. Gonçalo Sequeira Bandeira, ASAIOAUC – Automatização do sistema de aquisição de imagens do observatório astronómico da Universidade de Coimbra, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Cooncluído em Março de 2006.
12. Inês Moura Roque Matos Guerra , Sistema de Monitorização e Detecção de Falha de Vida Hospitalar, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
13. Pedro Miguel Costa d'Aguiar, SIREVIA RN - Sistema Reconhecimento de Viaturas baseado em Redes Neuronais, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
14. Paulo Rodrigues Martins , ASAIOAUC – Automatização do sistema de aquisição de imagens do observatório astronómico da Universidade de Coimbra, 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Concluído em Março de 2006.
15. Hugo Alexandre Alves Nogueira, Desenvolvimento e extensão de uma aplicação móvel baseada no software MAMIS, 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
16. Filipe Miguel Ramos Araújo Beato , Desenvolvimento e extensão de uma aplicação móvel baseada no software MAMIS, 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
17. Rodolfo José Monteiro Lemos Nunes, STRVANE – Seguimento em tempo real de veículos em ambientes não estruturados, 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
18. Nuno Miguel Rodrigues, Reconhecimento de caracteres usando classificadores difusos, 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
19. Francisco Santos Cohen, ICCVTR263 – Implementação de um CODEC para a Codificação de Vídeo em Tempo Real segundo a norma H.263, 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
20. Rui Mariano Sousa Dias, Repositório Fotográfico Seguro com Pesquisa Inteligente, 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
21. David Miguel Cruz Beja, CODIVO – Sintetização de voz em Português, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
22. Pedro Nuno de Carvalho Gonçalves Barroso , SIREVIA - Sistema de Reconhecimento de Viaturas, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
23. Nuno Miguel Faísca Barbosa , Sistema de Vigilância Distribuído, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
24. Rui Pedro Pires Bispo, Conta-Rotações Digital, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
25. Bruno João Pereira Inácio , Contabilização de tráfego automóvel, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
26. Daniel Filipe Medalhas Aldeano, Contabilização de tráfego automóvel, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
27. Nuno Filipe Lopes Torpes, Sistema de Vigilância Distribuído, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
28. Ana Celeste Alegre Marques , CODIVO – Sintetização de voz em Português, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
29. Pedro Ricardo da Costa Barbosa, SIVOGA – Sistema de Votação para Grandes Assembleias, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
30. Joaquim Alberto da Silva Amaral, SIREVIA - Sistema de Reconhecimento de Viaturas, 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
31. Pedro Miguel Castanheira Marques, Sistema de marcação de presenças através de impressão digital, 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
32. Bruno Miguel Santos Serras , Miradouros Virtuais – Estações de Visualização de Realidade Aumentada, 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
33. Rui João Leonardo Soares, Miradouros Virtuais – Estações de Visualização de Realidade Aumentada, 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
34. José Manuel de Oliveira Martins, Sistema de análise espectográfica LIBS para a detecção prematura de falhas em instalações industriais, 2001. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
35. Patrícia Margarida da Rosa Henriques, VTVídeo – Sistema de Votação Através de Processamento de Vídeo, 2001. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
36. Paulo David Vaz de Oliveira, SAREMA – Sistema de Apoio à Requisição de Material, 2001. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
37. André Teixeira Bento Damas Mora, MACIV – Um sistema multi-agente para a gestão de recursos no sector da Construção Civil, 1998. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).


Orientação de outra natureza
Other orientation
Concluídas
Completed
1. José Eduardo Pronto Matias, Segurança em Aplicações Web, 2011. Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Orientador).
Relatório de actividade profissional para obtenção do grau de Mestre em Engenhari Electrotécnica Discussão efectuada no dia 11 de Novembro.


Outros Trabalhos
Other production
1. Fonseca, José M. SEGMENTATION OF MICROCOPY IMAGES USING GRADIENT PATH LABELING AND ARTIFICIAL INTELLIGENCE TECHNIQUES, 2013.
Invited speaker e chair da sessão 6.



Participação no júri de Graus Académicos
Academic Degrees jury participation


Doutoramento
Phd
1. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de MARIA DA GRAÇA VIEIRA DE BRITO ALMEIDA. Image Processing for Displacement Measurements, 2015.
2. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Vítor Manuel Rodrigues Viegas. Plataformas de Interoperabilidade para Sistemas de Instrumentação, Medida e Controlo, 2012. Tese (Engenharia Electrotécnica e de Computadores) - Universidade Técnica de Lisboa.
Membro da CAT, Relator e Arguente da Tese. Defesa realizada em 30 de Janeiro de 2012.
3. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Xiaofeng Dai (Arguente). Data Fusion Methods and an Application on Exploration of Gene Regulatory Mechanisms, 2010. Tese (Computational System Biology) - Tampere University of Technology.
Arguente. 12th January 2010.
4. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Francisco António Fernandes Reinaldo. AFRANCI: A Multi-Layer Architecture for Cognitive Agents, 2010. Tese (Doutoramento em Engenharia Informática) - Universidade do Porto.
Arguente. 17th November 2010.
5. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Margarita Magadán Méndez. Signal Separation from Dynamic Data with Independent Component Analysis, 2008. Tese (Computational System Biology) - Tampere University of Technology.
Arguente. 10th October 2008.
6. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Laurentiu Barna. Acquisition Systems and Analysis Methods for Human Originated Signals”, 2008. Tese (Computational System Biology) - Tampere University of Technology.
Revisor da Tese. January 2008.
7. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de António José de Azevedo Correia Rosado. Fuzzy conceptual queries based on object-role modeling, 2006. Tese (Doutoramento em Engenharia Electrotécnica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Membro do jurí.


Mestrado
Master degree
1. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Cristiana Isabel Martins Ferreira. Study of the influence of Sigma factors on the kinetics of RNA production, 2014. 
2. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Gonçalo Emanuel Palma Amaro. Desenvolvimento de uma aplicação Android para pacientes sob tratamento, 2014.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Presidente do júri em 12 de Novembro de 2014.
3. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Henrique Manuel Monteiro Bernardo Corte. Plataforma online de partilha ee comparação de software para análise de imagens da retina, 2014.  Dissertação (Licenciatura em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Presidente do júri em 1 de Dezembro de 2014.
4. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Maria Inês Gomes da Silva. Criação de software para análise do batimento ciliar em pese-zebra, 2014. 
Arguente da Tese no dia 3 de Novembro de 2014 .
5. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Gonçalo Nuno Afonso Azevedo. Wireless Triple Play System, 2014.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Arguente da Tese no dia 25 de Junho de 2014.
6. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Inês Andreia Freitas do Vale. Novo Software para análise do epitélio nasal humano, 2014. 
Arguente da Tese no dia 3 de Novembro de 2014 .
7. Fernando Santana; Fonseca, José Manuel; Leonor Amaral; António Mano. Participação no júri de Pedro Miguel Sequeira Pinto. Utilização de redes neuronais artificiais como ferramenta de gestão de processos de digestão anaeróbia - Caso de estudo - ETAR do Seixal, 2014. 
8. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Pedro Miguel Ferreira Gomes. Sistema de Detecção de Fogo e Detecção e Seguimento de Objectos, 2013. 
Arguente do Juri de Mestrado em 8 de Março de 2013.
9. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Carina Alexandra Nunes Miranda Santos. Desenvolvimento de um Sistema de Monitorização Respiratória, 2013.  Dissertação (Engenharia Biomédica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Arguente da Tese em 12/11/2013.
10. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Pedro Cordeiro Mendes. e-ESPOIR: uma aplicação Web de Suporte à avaliação médica de pessoas com deficiência, 2013. 
Presidente do Juri das provas de Mestrado realizadas no dia 12 de dezembro de 2013.
11. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Hugo Delgado. Characterization and Surface Reconstruction of Objects in Tomographic Images of Composite Materials, 2013.  Dissertação (Licenciatura em Engenharia Informática) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Arguente no dia 24 de Julho de 2013.
12. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Fábio José Correia Júlio. A Layer 2 Multipath Fabric using a Centralized Controller, 2013. 
Presidente do juri das provas de Mestrado realizadas no dia 3 de Dezembro de 2013.
13. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Miguel Ângelo Alves dos Santos. Solução de Comunicação de Dados baseada numa Infrestrutura IP/MPLS, 2012.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Arguente do Júri de Relatório Profissional para obtenção do grau de Mestre.
14. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de José Carlos Baptista Costa. Ferramenta de apoio ao projeto, configuração e gestão de instalações domóticas, 2012.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores) - Politécnico do Porto.
Arguente.
15. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Pedro Miguel Flores Timóteo. Relatório de atividade profissional, 2012. 
Arguente das provas para obtenção do Grau de Mestre através de relatório profissional.
16. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Pedro Manuel Ferreira Rosa. Implementação de uma rede de serviços isócronos em IP, 2012.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Presidente do Júri de Relatório Profissional para obtenção do grau de Mestre.
17. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Manuel Pedro Antunes Barrento. Sistema de Business Intelligence aplicado aos Grupos de Diagnósticos Homogéneos, 2011.  Dissertação (Mestrado em Estatística e Gestão de Informação ) - Universidade Nova de Lisboa.
11 de Fevereiro de 2011 .
18. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Ricardo José Redondo Martins. Desenvolvimento de uma aplicação multimédia como ferramenta terapêutica, 2011.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Presidente do Júri - 14 de Dezembro 2011.
19. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Renato Manuel Antunes de Azevedo. Reconhecimento de informação DOT através de processamento de imagem, 2011.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
20. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Eduardo Jorge Castanheiro Cardoso. Classificação automática do sono: contribuição utilizando distância de Itakura-Saito e Wavelets, 2010.  Dissertação (Mestrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
9 de Março de 2010.
21. José Manuel Matos Ribeiro da Fonseca. Participação no júri de Rui Luís Freixo Barros . Interacões Medicamentosas e Definição de Modelo de Controlo de Risco, 2010.  Dissertação (Engenharia Biomédica) - Universidade Nova de Lisboa.
22. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Samuel Neto Pereira . Qualidade em Saúde: o papel dos sistemas de informação, 2009.  Dissertação (Engenharia Biomédica) - Universidade Nova de Lisboa.
25 de Novembro de 2009.


Exame de qualificação de doutoramento
Phd qualification test
1. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Hugo Tito Cordeiro. Reconhecimento de Patologias da Voz usando Técnicas de Processamento da Fala, 2013.
Membro do Juri da Proposta de Plano de Tese de Doutoramento enquanto co-orientador.
2. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Ehsan Shahamatnia. Automatic Solar Feature Characterization and Tracking, 2013. Exame de qualificação (Doutoramento em Engenharia Electrotécnica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Presidente do Juri da CAT no dia 25/9/2013.
3. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de José Xavier Ferreira da Silva. Computational Intelligence in space weather prediction for aviation, 2013. Exame de qualificação (Doutoramento em Engenharia Electrotécnica) - Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa.
Presidente do Juri da CAT no dia 23/9/2013.
4. Fonseca, José Manuel; Teresa Chambel; Nuno Neves; Luis Correia. Participação no júri de Francisco Mateus Campos. Mobile Robot Localization and Navigation with Appearance-Based Methods, 2011. Exame de qualificação (Engenharia Informática) - Universidade Técnica de Lisboa.
Membro da Comissão de Acompanhamento Prova de Qualificação realizada em 2 de Novembro de 2011 na sala 6.3.5 DI-FCUL.


Outra
Other
1. Fonseca, José Manuel. Participação no júri de Andre Ribeiro. Application for a Fellowship position with the title "Signal Processing for Systems and Molecular Biology", 2011. Outra, Tampere University of Technology.


Participação em Comissões de Avaliação
Evaluation comissions participation
1. Remote reviewer for the Call 2011 of CHIST-ERA - From data to new knowledge (D2K), 2012.


Participação em eventos
Event participation
Participação como Membro da Comissão Científica
Participation as Member of the Program Committee
1. Third International Conference on Innovation in Medicine and Healthcare 2015, 2015 (Congresso).
Nome do evento: hird International Conference on Innovation in Medicine and Healthcare 2015; Nome da Instituição: KES International; Cidade do evento: Kioto / Japão.
2. 10th International Workshop on Computational Systems Biology, 2013 (Congresso).
Nome do evento: 10th International Workshop on Computational Systems Biology; Nome da Instituição: TUT; Cidade do evento: Tampere / Tampere.
3. DOCEIS'2012 - Third Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems, DoCEIS'2012, 2012 (Conferência).
4. INISTA 2012 - The International Symposium on INnovations in Intelligent SysTems and Applications, 2012 (Conferência).
Nome do evento: INISTA 2012 - The International Symposium on INnovations in Intelligent SysTems and Applications; Cidade do evento: Trabzon / Turquia.
5. MEDSIP 2012 - 5th International Conference on Advances in Medical Signal and Information Processing, 2012 (Conferência).
Nome do evento: MEDSIP 2012 - 5th International Conference on Advances in Medical Signal and Information Processing; Cidade do evento: Liverpool.
6. HEALTHINF 2012 - International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, 2012 (Conferência).
Nome do evento: HEALTHINF 2012 - International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies.
7. DOCEIS 2011- 2nd Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems, 2011 (Conferência).
8. CETC 2011 - Conferência em Electrónica, Telecomunicações e Computadores, 2011 (Conferência).
Nome do evento: CETC’11 - Conferência em Electrónica, Telecomunicações e Computadores; Nome da Instituição: ISEL; Cidade do evento: Lisboa / ISEL.
9. COHEB 2011 - International Workshop on Collaboration Technologies and Systems in Healthcare and Biomedical Fields , 2011 (Workshop).
Nome do evento: CoHeB 2011 - International Workshop on Collaboration Technologies and Systems in Healthcare and Biomedical Fields ; Cidade do evento: Philadelphia, PA, USA / The Sheraton University City Hotel.
10. JETC’08 - Quartas Jornadas de Engenharia de Electrónica e Telecomunicações e de Computadores, 20-21 November 2008, 2008 (Conferência).
11. MEDASP - 2nd European Online Workshop on Medical Data Acquisition Standards and Protocols , 5 December 2005 to 5 January 2006, University of Plymouth, UK, 2005 (Conferência).
12. JETC'05 - Terceiras Jornadas de Engenharia de Electrónica e Telecomunicações e de Computadores, Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, Portugal, 17-18 November 2005, 2005 (Conferência).
13. CE2003 - 10th ISPE International Conference on Concurrent Engineering – Research an Applications, Funchal, Madeira, Portugal, 16-20 July 2003, 2003 (Conferência).

Participação como Moderador
Participation as Chairman
1. FSKD 2011 - The 8th International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge DiscoveryFuzzy, 2011 (Conferência).
Nome do evento: Pattern Recognition Session; Cidade do evento: Shangai / Galaxy Hotel.
Apresentação de paper e moderação de sessão.

Outro tipo de participação
Other kind of participation
1. Fuzz-IEEE 2013 , 2013 (Congresso).
Nome do evento: 2013 IEEE International Conference on Fuzzy Systems; Nome da Instituição: IEEE; Cidade do evento: Hyderabad.
2. CompBio'2011 - The Second IASTED International Conference on Computational Bioscience - July 11 – 13, 2011, Cambridge, United Kingdom, 2011 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
3. ISPHT'2011 - IASTED International Conference on Imaging and Signal Processing in Healthcare and Technology - May 16–18 2011, Washington DC, USA, 2011 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
4. HEALTHINF 2011, International Conference on Health Informatics , to be held 26-29 January, Roma, Italy, 2011 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
5. CIBCB'2012 - IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, 2011 (Conferência).
Nome do evento: CIBCB' 12 - IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology; Nome da Instituição: IEEE.
Reviewer.
6. HEALTHINF 2010, International Conference on Health Informatics, 20- 23 January, Valencia, Spain, 2010 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
7. DOCEIS 2010, Doctoral Conference on Computing, Electrical and Industrial Systems, 22-24 February 2010, Costa da Caparica, Portugal, 2010 (Conferência).

Member of Program Commission.
8. BIOMED 2010, Seventh IASTED International Conference on Biomedical Engineering, 17-18 February 2010, Innsbruck, Austria, 2010 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
9. IBERSENSOR 2010 - 7th Ibero-American Congress on Sensors, 2010 (Conferência).

Membro do IBERSENSOR 2010 Local Committee Membro do IBERSENSOR 2010 Internacional Scientific Committee .
10. HEALTHINF 2009, International Conference on Health Informatics, 14-17 January, Porto, Portugal , 2009 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
11. HEALTHINF 2008, International Conference on Health Informatics, Funchal, Portugal, 28-31 January 2008, 2008 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
12. BIOMED2008, IASTED International Conference on Biomedical Engineering, Innsbruck, Austria, 13-15 February 2008, 2008 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
13. INDIN 2007 - 5th International Conference on Industrial Informatics, 2007 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
14. CIMED2007 - Third International Conference on Computational Intelligence in Medicine and Healthcare, Sherwell Centre, University of Plymouth, Plymouth, UK, 25-27 July 2007, 2007 (Conferência).

Member of the International Steering Committee.
15. BIOMED2006 - IASTED International Conference on Biomedical Engineering, Innsbruck, Áustria, 15-17 February 2006, 2006 (Conferência).

Member of the International Program Committee.
16. EACDA 2005 - European Conference on Emergent Aspects in Clinical Data Analysis, Pisa, Italy, 28-30 September 2005, 2005 (Conferência).

Member of the International Programme Committee.
17. EUMAS2005 - 3rd European Workshop on Multi-Agent Systems, Brussels, Belgium, 7-8 December 2005, 2005 (Conferência).

Member of the Programme Committee.
18. EUMAS2004 - 2nd European Workshop on Multi-Agent Systems, Barcelona, Espanha, 16-17 December 2004, 2004 (Conferência).

Member of the Program Committee.
19. 4th WSEAS International Conference on Optics, Photonics, Lasers and Imaging (ICOPLI 2004), Taiwan, 14-16 January 2004, 2004 (Conferência).

Member of the Program Committee.
20. EUMAS2003 - 1st European Workshop on Multi-Agent Systems, St. Catherine’s College, University of Oxford, UK, 18-19 December 2003, 2003 (Conferência).

Member of the Program Committee.
21. LIBS2000 – 1st International Conference on Laser Induced Plasma Spectroscopy and Applications, Pisa, Italy, 8-12 October 2000, 2000 (Conferência).

Member of the Program Committee .
22. ECPPM'2000- Third European Conference on Product and Process Modeling, 2000 (Conferência).

Member of the Programme Committee.
23. Fourth International Conference on Autonomous Agents, June 3-7, 2000, Barcelona, Catalonia, Spain, 2000 (Conferência).
24. 16th IAARC/IFAC/IEEE International Symposium on Automation and Robotics in Construction, 1999 (Conferência).
25. Proceedings of the 9th Portuguese Conference on Artificial Intelligence (EPIA'99), 1999 (Conferência).
Cidade do evento: Évora.
26. CEEMAS’99 – First International Workshop of Central and Eastern Europe on Multi-Agent Systems, 1999 (Conferência).
27. ICMAS'98 - International Conference on Multi Agent Systems, 1998 (Conferência).

Reviewer and delegate.
28. Conti'98 - International Conference on Technical Informatics, Timisoara, Roménia, 29-30 de Outubro de 1998, 1998 (Conferência).
29. BASYS - 3rd IEEE/IFIP International Conference on Information Technology for Balanced Automation Systems in Manufacturing, 1998 (Conferência).
Nome do evento: BASYS - 3rd IEEE/IFIP International Conference on Information Technology for Balanced Automation Systems in Manufacturing.
30. Second International Conference on Autonomous Agents, 1998 (Conferência).
Nome do evento: Second International Conference on Autonomous Agents , USA — May 10 - 13, 1998.
31. 8th European Workshop on Modelling Autonomous Agents in a Multi-Agent World, MAAMAW'97, 1997 (Conferência).
Nome do evento: 8th European Workshop on Modelling Autonomous Agents in a Multi-Agent World, MAAMAW'97; Cidade do evento: Roneby.
32. 8th Portuguese Conference on Artificial Intelligence, EPIA '97, Coimbra, Portugal, October 6-9, , 1997 (Conferência).

Member of the Program Committee.
33. DAIMAS-97 - International Workshop "Distributed Artificial Intelligence and Multi-Agent Systems, 1997 (Conferência).
34. Second International Workshop on CSCW in Design, 1997 (Conferência).
Nome do evento: Second International Workshop on CSCW in Design, Bangkok, Thailand, 26-28 November 1997; Cidade do evento: Bangkok.
35. First International Conference on the Practical Application of Intelligent Agents and Multi-Agent Technology, 22nd-24th April 1996, 1996 (Conferência).
Nome do evento: First International Conference on the Practical Application of Intelligent Agents and Multi-Agent Technology.
36. First Iberoamerican Workshop on Distributed Artificial Intelligence and Multi-agent Systems, 1996 (Workshop).
Cidade do evento: Xalapa / Mexico.
37. CONTI'96 -The 2nd International Conference on Technical Informatics, 1996 (Conferência).
38. 2nd IEEE / ECLA / IFIP International Conference on Architectures and Design Methods for Balanced Automation Systems, 1996 (Conferência).



Participação editorial em revistas
Magazine editorial participation
1. Fonseca, José Manuel. International Journal Source Code in Biology and Medicine, Função ou tipo de participação: Corpo editorial, Editora: Biomed Central.
2. Fonseca, José Manuel. Bioinformatics, Função ou tipo de participação: Reviewer, Editora: Oxford Journals.
3. Fonseca, José Manuel. Environmental Toxicology, Função ou tipo de participação: Reviewer, Editora: Wiley.
Revisor do artigo Manuscript ID TOX-13-425 entitled "Time lapse microscopy observation of cellular structural changes and image analysis of drug treated cancer cells to characterize the cellular heterogeneity" em 13 Novembro de 2013.

4. Fonseca, José Manuel. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics Part B , Função ou tipo de participação: Reviewer.
5. Fonseca, José Manuel Matos Ribeiro da. Information Sciences - Informatics and Computer Science Intelligent Systems Applications, desde 2011/09/25, Função ou tipo de participação: Reviewer, Editora: Elsevier.
6. Fonseca, José Manuel. Integrated Computer-Aided Engineering, desde 2011/02/06, Função ou tipo de participação: Reviewer, Editora: IOS Press.
7. Fonseca, José Manuel. Signal Image and Video Processing, desde 2010/03/25, Função ou tipo de participação: Reviewer, Editora: Springer.







Indicadores de produção (Production indicators)

Total
Produção científica
Scientific production
127

Livros e capítulos
Books and book chapters
28
Livros publicados ou organizados
Published or organized books
2
Capítulos de livros publicados
Published book chapters
26
Artigos científicos em revistas
Papers in periodics
26
Com arbitragem científica
With scientific refereeing
25
Sem arbitragem científica
Without scientific refereeing
1
Trabalhos em eventos
Papers in conference proceedings
73
Com arbitragem científica
With scientific refereeing
66
Sem arbitragem científica
Without scientific refereeing
7

Total
Produção técnica
Technical production
46

Software 1
Software sem registo ou patente
Software without patent or official record
1
Produtos
Products
1
Produtos com registo ou patente
Products with patent or official record
1
Processos ou técnicas
Processes or techiniques
1
Processos ou técnicas sem registo ou patente
Processes or techiniques without patent or official record
1
Outros tipos de produção técnica
Other technical production
43

Total
Dados complementares
(Additional data)
186

Orientações
Orientations
91
Outros Trabalhos
Other production
1
Participação no Júri de Graus Académicos
Academic Degrees jury participation
34
Participação em Comissões de Avaliação
Evaluation comissions participation
1
Participação em Eventos
Event participation
52
Participação editorial em revistas
Magazine editorial participation
7


Visualizações do curriculum [ 5418 ]
 
Página gerada pela Plataforma de Curricula DeGóis promovida pela FCT e pelo Gávea/DSI/UM em 01-10-2020 às 15:12:39
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